Die Inkubationszeit (lat. incubare = ausbrüten) bzw. Diagnostisches Fenster sind Begriffe aus der Medizin und beschreiben die Zeit, die zwischen der Infektion mit einem Krankheitserreger und dem Auftreten der ersten Symptome (Ausbruch der Krankheit) bzw. der Nachweisbarkeit der Infektion vergeht. Die Inkubationszeit kann – abhängig von der Krankheit – zwischen wenigen Stunden und einigen Jahrzehnten liegen. Die Infektion selbst kann je nach Art des Testverfahrens in der Regel sehr viel früher bis zeitnah zur Ansteckung nachweisbar sein.

Die Inkubationszeit kommt dadurch zustande, dass die Erreger sich zuerst an der Eintrittspforte vermehren, um dann über das Blut an ihr Zielorgan zu gelangen (zyklische Allgemeininfektion). So vermehrt sich z. B. das Poliovirus in den lymphatischen Geweben des Verdauungstrakts (Enterovirus). Nach ein bis zwei Wochen kann es dann zu unspezifischen Symptomen wie Fieber und Gliederschmerzen kommen. Etwa eine halbe Woche später kann dann das Krankheitsbild der Kinderlähmung folgen.

Bei der Tollwut hängt die Dauer der Inkubationszeit von der Lokalisation des Bisses ab, mit dem das Virus übertragen wurde. Je länger sein Weg entlang der peripheren Nerven ins Gehirn, desto länger die Inkubationszeit.

Bei Lokalinfektionen ist die Inkubationszeit entsprechend kurz.